Heize den Ofen auf 200 °C Umluft vor.
Schäle die Schalotten und Knoblauchzehen und schneide sie in Streifen bzw. hacke sie klein.
Dünste Zwiebeln und Knoblauch mit 2 EL Öl in einer Pfanne etwa 3 Minuten an. Rühre Tomatenmark und Chiliflocken ein und lass beides kurz mitrösten. Schmecke mit Salz, Pfeffer und Kräutern der Provence ab. Nimm die Pfanne vom Herd.
Wasche Zucchini, Aubergine und Tomaten und schneide sie in dünne Scheiben.
Verteile die Zwiebel-Tomaten-Soße in einer Auflaufform oder ofenfesten Pfanne und schichte das Gemüse abwechseln dachziegelartig darauf.
Würze das Gemüse mit Pfeffer und Salz und verteile das restliche Öl darüber.
Decke Form oder Pfanne mit Alufolie oder einem Deckel ab und gare die Ratatouille für 40-45 Minuten.
Lass den Mozzarella abtropfen und zupfe ihn fein.
Entferne Alufolie oder Deckel und verteile den Mozzarella über der Ratatouille.
Gare sie abschließend weitere 10-15 Minuten im Ofen, bis der Käse geschmolzen ist.